Não é atoa que é tão complicado de entender. Japonês tem nada a ver com Português.
Pra começar, vamos pelo mais óbvio dos óbvios. A escrita japonesa é de cima para baixo, da esquerda para direita. Ou seja, as linhas são verticais e começam.
Para ter uma ideia, uma página da light novel Overlord que foi adaptada em mangá e anime parece desse jeito:
(tem muitos outros idiomas por aí que funcionam desse jeito. Inclusive tem idioma com linhas horizontais como as que usamos só que são lidas da direita para esquerda).
Outra coisa importante é que o Japonês tem três "alfabetos," chamados de kanji 漢字, hiragana ひらがな e katakana カタカナ.
A hiragana é o mais básico de todos e até criança sabe, a katakana é praticamente a mesma coisa, e os kanji são literalmente "carácteres Chineses," importados da China há muito tempo atrás, e basicamente ninguém sabe por inteiro. (você leu certo, ninguém sabe por inteiro os kanji)
Embora adultos completamente alfabetizados consigam ler uns milhares de kanji, e eu disse milhares de kanji, e entendam boa parte dos textos em Japonês exceto aqueles com jargões de uma certa profissão ou outra, como kanji que tem haver com medicina por exemplo, crianças não são desse jeito.
Tem muita criança que não conseguiria ler a página de Overlord acima, devido ao fato dela ter tanto kanji e tão pouca furigana. Vou explicar melhor.
Uma palavra no Japonês, como a palavra kanji 漢字, pode ser feita de kanji como 漢 e 字. No caso, a leitura do kanji 漢 é kan, e de 字 é ji. Junta os dois e você tem kanji.
Porém, existem muitos kanji com a mesma leitura. Por exemplo, a palavra kanji 感じ, quer dizer "sentimento" e não tem nada a ver com a palavra kanji 漢字 que é "letras chinesas." Exceto pelo fato de elas serem homônimos, ou seja, terem o mesmo som.
Como se não bastasse, cada kanji tem um ou mais significado e uma ou mais leituras kun'yomi 訓読みe on'yomi 音読み. Uma hora pode ser hito 人, que é a leitura kun de 人, outra hora pode ser hitobito 人人 que é um leitura on. Uma hora pode ser hibi 日日 que é "diariamente" outra hora pode ser hinichi 日日 que é a "data [de um dia]."
Enfim, é bem difícil de ler esses kanji, mas ainda bem que o Japonês não é baseado neles. Para ajudar, existem as hiragana e katakana.
Basicamente, hiragana e katakana é um alfabeto de 50 letras diferentes onde todas elas são silábas que sempre tem exatamente o mesmo som. Ou seja, て é sempre te e nunca vai ser lido de um jeito diferente.
Toda hiragana tem uma katakana com o mesmo som (e vice-versa). Por exemplo, て é hiragana, テ é katakana, ambos são te. の é hiragana, ノ é katakana, ambos são no. は é hiragana, ハ é katakana, ambos são ha. E assim por diante.
A palavra hiragana escrita em hiragana é ひらがな, em katakana hiragana é ヒラガナ. A palavra katakana escrita em katakana é カタカナ, e em hiragana かたかな.
Agora. a palavra hiragana escrita com kanji é 平仮名, e katakana escrita com kanji é 片仮名.
Acho que você já entendeu onde isso vai, não é? Todo mundo que fala Japonês sabe pelo menos hiragana, que é um alfabeto básico. Se ele não souber como ler um kanji, ele pode procurar num dicionário onde estará escrito a leitura em hiragana.
Porém, como no Japonês existe muito kanji estranho, também existe um outro recurso da linguagem conhecido como furigana. A furigana é como se eu escreve do lado de 平仮名 isso aqui ひらがな, ou seja, hiragana em hiragana ao lado de hiragana em kanji.
Com furigana dá pra saber como que lê uma palavra, mas óbvio que isso não quer dizer que você entenda o que ela significa. Acontece que se você é acostumado com ouvir a palavra, ou ver ela escrita em hiragana, você pode simplesmente não saber ela em kanji.
Por exemplo, arigatou gozaimasu 有難う御座います é bem feiinha com os kanji complicado dela, então é mais comum escrever ありがとうございます em hiragana pura. Quem nunca viu isso escrito com kanji não irá sacar o que está escrito a primeira vista.
Aí surge a dúvida, se pode escrever tudo em hiragana, por que não escrever tudo em hiragana, né? Ou do contrário, por que não escrever tudo em kanji?
É na verdade bem simples, e tem haver com a preguiça humana. Olhe isso aqui, 有難う御座います, na tela do computador pode parecer como uns desenhos feios, mas imagina escrever isso no papel.
No Português, "muito obrigado" pode ser escrito em 22 traços de um lápis. O kanji 難 sozinho precisa de 18 traços pra ser escrito. Quem for escrever no papel vai escolher o jeito mais fácil, lógico.
Por outro lado, shitagau 従う é 11 traços com kanji e 11 com hiragana したがう, mas a hiragana ocupa mais espaço. Em casos extremos, uketawamaru 承る gasta 10 traços e うけたわまる gasta 17.
Além disso, o uso de kanji facilita da leitura. Bem, não facilita a leitura de quem não sabe ler kanji, mas pra quem sabe ler kanji facilita a leitura. Vou pegar a primeira frase da página de Overlord que eu postei acima para aproveitar.
時間の感覚が無くなるような状況の中
Veja como a frase alterna entre os kanji que parecem mais complicados e as hiragana que são mais simples e usa. menos traços. Agora vou tacar tudo em hiragana.
じかんのかんかくがなくなるようなじょうきょうのなか
Pronto. Você não sabe onde começa e termina mais nada. Eu consigo ler kanji e me perderia tentando ler isso aí.
じかん の かんかく が なくなる じょうきよう の なか
Nem "botando um espaço entre palavras," que em Japonês é ichiji akeru 一字空ける, não ajudaria em nada. Pra quem sabe kanji na verdade dá ódio de ver um negócio desses. Espaços só funcionam mesmo no Português, como em:
jikan no kankaku ga nakunaru joukyou no naka
Que é o romaji da frase.